Identifying novel splicing factors of the group II intron L1.LtrB from «Lactococcus lactis»
Notice bibliographique
Résumé
Group II (GII) introns are large ribozymes that can autocatalytically excise themselves from pre-mRNA transcripts. They are found in bacteria, archaea, and the organelles of lower eukaryotes and land plants. GII introns contain all the necessary components for splicing, but protein splicing factors are essential to induce proper tridimensional folding of these intron RNAs in vivo. GII introns in bacteria and archaea usually encode their own splicing factor, termed the intron-encoded protein (IEP). In contrast, most GII introns in land plants do not encode an IEP. Instead, such GII introns depend on a diverse set of RNA-binding proteins to act as splicing factors. We aim to explore the potential diversity of group II intron splicing factors in bacteria.We study the model group II intron Ll.LtrB, from the Gram-positive bacterium Lactococcus lactis. Ll.LtrB encodes the IEP LtrA, which is essential for efficient and accurate splicing. Ll.LtrB interrupts the gene coding for the relaxase enzyme (LtrB), necessary to initiate the transfer of conjugative elements in L. lactis. Since ligation of ltrB exons is necessary for conjugation, splicing efficiency of Ll.LtrB from the ltrB pre-mRNA controls the transfer efficiency of conjugative elements. We took advantage of this relationship to develop a sensitive conjugation assay to study a splicing-deficient mutant of Ll.LtrB, which lacks LtrA (Ll.LtrBΔLtrA). Previously, a genomic expression library of L. lactis was generated in a conjugative plasmid. A conjugation assay was performed and led to the selection of three plasmids containing genomic fragments (Lib7,9,11) that can rescue conjugation efficiency in the absence of LtrA (Ll.LtrBΔLtrA).Lib11 encodes five putative open reading frames (ORFs) and two partial ORFs. We used two different strategies to determine which ORFs may be responsible for the observed increase in conjugation efficiency, and hence splicing rescue. First, we expressed individual ORFs from a conjugative plasmid. Second, we knocked out expression of individual ORFs within the original Lib11 construct. From these strategies, ORF1 was determined to increase conjugation efficiency, but the effect was variable. Similarly, further studies revealed that Lib11-containing strains also displayed variable levels of conjugation. We thus performed a series of control conjugations and identified conditions in which the variability in conjugation efficiency is reduced. We can now identify which of the ORFs is responsible for the increase in conjugation efficiency.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».