Insights into the genetic architecture of morphological and sexually selected traits in two passerine bird species
Notice bibliographique
Résumé
Knowledge about the underlying genetic architecture of phenotypic traits is needed to understand and predict their evolutionary dynamics. The number of causal loci underlying most phenotypic traits, the magnitude of their effects and their location in the genome is still largely unknown. Here we use genome-wide SNP data from two large-scale datasets on house sparrows and collared flycatchers to examine the genetic architecture of morphological (tarsus length, wing length, body mass, bill depth and bill length) and sexually selected traits (total badge size and visible badge size in house sparrows and white wing patches in collared flycatchers). Heritabilities were estimated using kinship coefficients calculated from the SNP data. The proportion of variance captured by the SNPs (SNP-based heritability) was lower in house sparrows compared to collared flycatchers, as expected given marker density (6,348 SNPs in house sparrows versus 38,689 SNPs in collared flycatchers). Chromosome partitioning analyses demonstrated that the proportion of variance explained by each chromosome was significantly positively related to the chromosome size for most traits. Finally, we only found two genome-wide significant associations with very small effect sizes; one SNP on chromosome 20 associated with bill length in house sparrows and one SNP on chromosome 4 for tarsus length in collared flycatchers. Although we cannot exclude the possibility of undetected large-effect QTL, our results support the hypothesis that variation in morphological and sexually selected traits is typically determined by many loci with small effect.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».