Isolement et caractérisation de quatre phages de Clostridium perfringens pour des applications vétérinaires dans l’industrie aviaire au Québec
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium perfringens est une bactérie pathogène causant diverses infections chez l'homme et l'animal. L'entérite nécrotique (EN) chez la volaille causée par C. perfringens entraîne des pertes économiques importantes au niveau mondial. Le développement d'alternatives pour limiter les infections à C. perfringens est nécessaire car l'utilisation d'antibiotiques comme promoteurs de croissance a été restreinte. Les bactériophages représentent une alternative intéressante et notre objectif dans le présent travail était d'isoler des phages lytiques afin de tester leur potentiel thérapeutique contre C. perfringens. Quatre phages ont été isolés de fientes de poulet provenant de fermes du Québec. Le spectre d'hôtes \na été réalisé sur 50 souches de C. perfringens collectées lors d'une éclosion d’EN dans des élevages avicoles. Les phages vB_CpeS-1185 (phiCp-A) et vB_CpeS-1192 (phiCp-D) ont un spectre étroit, alors qu'il est plus large pour vB_CpeS-1153 (phiCp-B) et vB_CpeS-1181 (phiCp-E), qui étaient également capables d’infecter des isolats humains de C. perfringens. Tous les phages appartiennent à la famille des Siphoviridae, et le séquençage de leur génome a révélé qu'ils sont tous tempérés, avec des génomes allant de 33 985 pb (phiCp-B) à 54 735 pb (phiCp-D). Les phages phiCp-A et phiCp-B partagent une homologie de séquence avec des phages connus, à savoir vB_CpeS-CP51 et phi3626, respectivement, tandis que phiCpD est unique. Il convient de noter que phiCp-E est presque identique (100% sur 94% de sa longueur) à pDle1_3, une séquence annotée comme un plasmide dans la souche Del1 de C. perfringens. De plus, nous avons montré que les nouveaux lysogènes porteurs de phiCpE sont instables, conduisant à un phénomène de pseudolysogénie. Ces quatre phages étant tempérés, ils ne conviennent pas pour des applications thérapeutiques, mais leur caractérisation s'ajoute aux données disponibles pour les phages de C. perfringens, qui sont encore limitées.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».