Investigating marine microbial metabolism and diversity of Arctic ecosystems
Notice bibliographique
Résumé
The world’s oceans are essential for sustaining life on Earth and harbour a vast diversity of organisms. Marine microbes play crucial roles in global biogeochemical cycling and are at the base of marine food webs. Due to the technical difficulties associated with sampling northern marine systems, relatively little is known about the microbial community composition and metabolism of these ecosystems. \n \nIn this thesis work, the community composition and metabolism of northern marine ecosystems, including the Saint Lawrence Estuary, North Water and Canada Basin were described using meta-omic techniques. In the Saint Lawrence Estuary, differences in microbial community structure, metabolic lifestyles and carbon and nitrogen processing pathways were observed between the surface and deep waters. In the North Water, two distinct microbial communities with different taxonomic compositions and differing nutrient acquisition and resource allocation strategies were identified on either side of the polar mixed layer, and a third distinct community was described in the bottom waters. Functional and taxonomic analyses of the North Water polar mixed layer communities suggest a microbial community more typically associated with waters that undergo pulses of primary production on the Canadian side, while the community on the Greenland side was more typical of waters associated with a more steady level of primary production. In the Canada Basin, metagenomics was used to construct 360 Arctic Ocean metagenome assembled genomes. The analysis of six Chloroflexi MAGs revealed their potential for terrestrial derived aromatic compound degradation and that this metabolic capacity was acquired, at least in part, by lateral gene transfer from terrestrial organisms. To facilitate the meta-omic analyses performed in this thesis, a novel method to isolate microbial community DNA and proteins from the same environmental sample preserved in RNAlater was also developed. \n \n\tThis thesis not only describes the microbial community composition and metabolism of northern marine systems over a broad geographic range, but also adds to the growing metagenomic and metaproteomic resource-base that can be used to develop and test hypotheses about northern marine microbial systems. Additionally, this work has implications for our understanding of how climate change may affect northern marine ecosystems.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».