Molecular characterization of phytoplasmas identified in Prunus species at the Canadian Clonal Genebank.
Notice bibliographique
Résumé
In Canada, more than 3,600 hectares (8,900 acres) are devoted to peach, nectarine and apricot cultivation with most production occurring in the provinces of Ontario and British Colombia. The farm gate value of peach, nectarine and apricot in Canada was more than $ 40 million in 2008. More than 90 accessions of peach, nectarine and apricot are represented at the Canadian Clonal Genebank (CCG). ‘Candidatus Phytoplasma asteris’ (16SrI) and ‘Ca. Phytoplasma fraxini’ (16SrVII), have been recently identified affecting peach, Prunus persica (L.) Bastch, at the CCG, in a collection established in the field more than 15 years ago, and were partially characterized based on analysis of the 16S rDNA. In an extensive survey leaf samples from symptomatic and symptomless plants of all plants of the CCG were collected and total DNA was extracted. Phytoplasma universal 16S rRNA primers were used for direct amplification followed by internal primers in nested PCR assays. PCR products were obtained for samples only from 7 symptomatic plants. Plants lacking symptoms yielded no PCR products. The identified phytoplasmas were then further analyzed with multi-gene sequences (multiple phylogenetic markers) technique that currently provide a basis to better distinguish phytoplasma species or strains, characterize phytoplasma populations and define epidemiology and ecology further PCR assays followed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analyses and/or sequencing of ribosomal protein l22, and tuf genes were carried out on the 16SrI and 16SrVII phytoplasma strains identified at the CCG. The accessions held at the CCG provide a unique research opportunity to assess phytoplasma occurrence and expression across a wide spectrum of Prunus genotypes. These studies may result in the identification of potential sources of resistance to these pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».