ln-vitro models for the culture of previously uncultured oral bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Around half of oral bacteria have yet to be cultured, and their role in disease<br/>is therefore unknown. It is hypothesised that bacteria in biofilms have become dependent on growing in multi-species communities. TM7 phylum has no cultured representatives and some oral TM7 phylotypes have been associated with oral diseases such as periodontitis. The aims of this study were therefore to evaluate the ability of two model culture systems: Cooked Meat Medium and the Calgary Biofilm Device (CBD), to support the growth of mixed oral bacterial communities including uncultured bacteria, and to attempt to culture representatives of the TM7 division.<br/><br/>The Cooked Meat Medium was used to establish a mixed bacterial community from 3 endodontic samples and their composition was analysed by Sanger sequencing and 454 pyrosequencing. A diverse bacterial community closely related to the original endodontic samples was maintained up to 480 days and included some uncultured bacteria present in the original samples.<br/><br/>A mixed oral biofilm was established on the CBD from saliva. The effect of the presence of mucin and glucose in the growth media on community composition was evaluated, but no significant differences were seen. The effect of using propidium monoazide to remove extracellular DNA was assessed and was found to significantly affect the perceived composition of the biofilms. Uncultured taxa detected in culture included representatives of deep branches of Bacteroidetes and Clostridiales, and TM7 and SR1 phyla.<br/><br/>TM7 members were detected in both models with specific PCR primers, but their proportion never exceeded 1 %. In an attempt to isolate TM7 division representatives a saliva microcosm was grown on agar. TM7 representatives were detected by colony hybridization and specific PCR and subcultured, producing enrichment. Two simple co-cultures of TM7 HOT352 / HOT353 with Slackia exigua or Atopobium parvulum were obtained, but were not maintained.<br/>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,042 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».