MESing around with a primula obconica type III polyketide synthase
Notice bibliographique
Résumé
Polyketide-derived compounds are key components of many pharmacologically relevant molecules; plants are a major source of polyketides and produce them using type III polyketide synthases (PKS). This research project investigates the role of a putative type III PKS (PoPKS) and a putative polyketide cyclase (PKC; PoDABB) in the biosynthesis of the benzoquinone primin produced by Primula obconica (primula). I hypothesized that primula uses these enzymes to produce olivetolic acid, which is further modified to primin in planta. Using heterologously expressed protein, the function of PoPKS and PoDABB were assayed in vitro and compared to that of a functionally similar type III PKS and PKC from Cannabis sativa, CsTKS and CsOAC. I was able to demonstrate that, like CsTKS, PoPKS is a type III PKS and is able to catalyze the synthesis of a triketide lactone, tetraketide lactone, and a linear tetraketide. PoDABB did not show any PKC activity but did increase the catalytic activity of PoPKS, suggesting that the protein may have another role in the primin pathway in planta. Interactions between the commonly used buffer MES and type III PKSs were observed that altered the activity of both PoPKS and CsTKS, allowing the enzymes to catalyze additional extension steps. An investigation of the compounds produced in the MES buffer systems suggest that PoPKS is able to catalyze the synthesis of pentaketide and hexaketide products as well as catalyze the cyclization of resorcylic acids, including olivetolic acid, without the need for a PKC. A homology model of PoPKS was developed and used to predict a novel type III PKS hydrogen binding network used to catalyze the release of a linear polyketide free acid; a tyrosine residue in this network may also participate in the cyclization of resorcylic acids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».