Polyphasic examination of microbial communities in soils contaminated with organic pollutants
Notice bibliographique
Résumé
A polyphasic approach was used to examine the impact of contamination on soil microbial community structure. Two systems were examined using a combined biochemical and molecular biological approach. Petroleum hydrocarbon contaminated soils from two Northern Canadian sites, representing long-term contamination, were examined using Biolog GN plates and PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) analysis of total community 16S rDNA. Results obtained using both methods demonstrated a positive correlation between samples that was based on the geographical origin of the samples, not on contamination level. In the second system, non-contaminated soil was contaminated with the explosive hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine (RDX) to monitor the effect of short- to medium-term contamination. Changes in the soil microbial community were examined using PCR-DGGE of total community 16S rDNA combined with RDX mineralization and chemical analysis of intermediates. The non-contaminated loam soil had an inherent RDX degradative capability and contamination of soil columns with 1000 mg RDX/kg soil did not significantly change the 16S rDNA bacterial community profile. The bacterial diversity remained high as estimated by the number of bands present in the DGGE and by NQ-78704 statistical rarefaction analysis of 16S rDNA clone RFLPs. The same soil, used in 10% soil slurries (w/v), demonstrated two apparently different RDX degradation mechanisms based on mineralization and chemical analysis. The differences were based on aerobic versus anaerobic conditions and the presence/absence of Na3 citrate. PCR-DGGE performed on 16S rDNA from aerobic slurries amended with Na3-citrate detected the stimulation of 3 operational taxonomic units, identified as Stenotrophomonas sp., Sphingomonas sp. and a member of the Alcaligenaceae. The results from the two systems examined (short- to medium-term and long-term contamination) demonstrated the utility of a polyphasic approach in the examina
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».