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Enregistrement W7052102642

P-TEFb-dependent pathways in cancer

2019· dissertation· ca· W7052102642 sur OpenAlexaff

Notice bibliographique

RevueeScholarship@McGill (McGill) · 2019
Typedissertation
Langueca
DomainePhysics and Astronomy
ThématiqueParticle Detector Development and Performance
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTranscription factorCancerChromosomal translocationRNA polymerase IIHistoneGeneCancer cellBRD4
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Transcriptional regulators that play crucial roles in cancer progression have gained prominence as anticancer drug targets.Inhibitors of positive transcription elongation factor b (P-TEFb), a factor essential for promoter proximal pause release, have proven effective against a number of cancer types, including mixed lineage leukemia driven by translocations of the histone methyltransferase MLL.These translocations result in chimeric proteins that have been implicated in P-TEFb recruitment to target cancer-driving genes.P-TEFb is a kinase with multiple targets, including RNA polymerase II as well as two factors associated with the paused polymerase, negative elongation factor (NELF) and DRB sensitivity-inducing factor (DSIF).To determine the functional significance of P-TEFb-dependent pathways and elucidate the mechanisms underlying sensitivity to P-TEFb inhibitors in MLL-rearrangement associated leukemias, I characterized the responses to transcriptional inhibitor treatment of two cancer cell lines, THP-1, which has a MLL-rearrangement, and K562, which has unaltered MLL.I found that THP-1 exhibits reduced viability and greater loss of P-TEFb activity upon inhibition of P-TEFb.While consistent with the idea that MLL-rearrangement associated leukemias have increased dependency on P-TEFb, this work also raises the possibility that MLL-fusion proteins might globally impair P-TEFb, contrary to current models.I also took steps towards creating cell lines with phosphoacceptor site mutations in the P-TEFb target Spt5 using CRISPR/Cas9.My efforts revealed that double-stranded repair templates, which are commonly used in CRISPR/Cas9-mediated gene replacement, are non-specifically inserted into the genome at a high frequency.Overall, this work advances our understanding of the importance of P-TEFb-dependent pathways in cancer biology.iii Rsum Les rgulateurs de la transcription jouent un rle crucial dans la progression du cancer et sont, par consquent, devenus des cibles de mdicaments anticancreux intressantes.Les inhibiteurs du facteur positif d'longation de la transcription (P-TEFb), un facteur essentiel pour la sortie de la pause proximale au promoteur, se sont rvls efficaces contre plusieurs types de cancers, incluant la leucmie aigu de phnotype mixte entrane par des translocations de la mthyltransfrase MLL.Ces translocations forment des protines chimriques qui sont impliques dans le recrutement de P-TEFb aux gnes affectant ce cancer.P-TEFb est une kinase avec plusieurs cibles, incluant l'ARN polymrase II et deux facteurs associs la polymrase en pause, soit le facteur ngatif d'longation (NELF) et le facteur inductible la sensibilit au DRB (DSIF).Pour dterminer l'importance fonctionnelle des mcanismes rguls par P-TEFb et lucider les mcanismes sous-jacents la sensibilit aux inhibiteurs de P-TEFb dans les leucmies avec rarrangement de MLL, j'ai caractris les rponses aux inhibiteurs transcriptionnels de deux lignes cellulaires cancreuses, soit THP-1, qui possde un rarrangement de MLL, et K562, qui ne possde pas de rarrangement.J'ai dcouvert que THP-1 prsente une viabilit rduite et une perte plus importante de l'activit de P-TEFb lors de traitement avec les inhibiteurs de P-TEFb.Bien qu'ils conforment l'ide que les leucmies avec rarrangement de MLL dpendent davantage sur le P-TEFb, mes rsultats soulvent galement la possibilit que les protines de fusion MLL pourraient globalement altrer P-TEFb, contrairement aux modles actuels.J'ai aussi tent de crer des lignes cellulaires avec des mutations aux sites phosphoaccepteurs de Spt5, une cible de P-TEFb, en utilisant la technique CRISPR/Cas9.Mes efforts ont rvl que les molcules d'ADN double brin, qui sont couramment utiliss comme modles de rparation lors de l'essai CRISPR/Cas9, sont insrs dans le gnome de manire non-spcifique une frquence leve.Pris ensemble, mes rsultats amliorent notre comprhension de l'importance des mcanismes rguls par P-TEFb dans la biologie du cancer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche, Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,653
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,232 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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