Population diversity of Campylobacter jejuni in a southern Ontario raccoon population
Notice bibliographique
Résumé
Campylobacter jejuni is one of the leading causes of gastroenteritis in humans. In order to properly interpret surveillance and outbreak data based on whole genome sequencing and to determine whether isolates are related, there must be a baseline understanding C. jejuni genomic diversity. This thesis investigates the genomic diversity and lineage dynamics of a C. jejuni population from 628 live-captured wild raccoons in southern Ontario between 2011 and 2013. To this end, 622 isolates were whole genome sequenced and included for analysis of their core genome and accessory genome. The isolates were grouped by lineage and core genome multilocus sequence typing, pangenome, and a genome wide association study were used to explore and establish the genomic diversity of Campylobacter within this population. Lineages were also examined over time in order to provide context on the microevolution of each lineage and relate time with the lineage diversity. Many raccoons were recaptured over the sampling years, thus lineages were examined across time to examine the C. jejuni status within individual raccoons. The C. jejuni population within the southern Ontario raccoons was diverse. There were 42 total lineages found, of which 20 were raccoon-associated lineages with homogeneous diversity, 6 raccoon-associated lineages had heterogeneous diversity, 8 generalist lineages had homogeneous diversity, and 2 generalist had heterogeneous diversity. Isolates that were identical in the core genome could be quite different in terms of their accessory genome. The lineages, whether heterogeneous or homogeneous, raccoon-associated or generalist, could persist and be found circulating amongst the raccoons over the three sampling years while other lineages were only found during brief periods of time. Within the raccoons, there was high lineage turnover of C. jejuni, re-infection and long-term harbouring of lineages, as well as co-infection of different lineages. The approaches used in this study with whole genome sequencing data should be used in outbreak and epidemiological investigations of C. jejuni.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».