SARS-CoV-2 and the immune response; the establishment of a SARS-CoV-2 neutralization \nassay and subsequent immune utilization
Notice bibliographique
Résumé
SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) has become increasingly \nimportant since the onset of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. In less than a \nyear, there were numerous vaccination guidelines. After the vaccination program, the scientific \nfield raced to answer questions regarding the immune response at the cellular and molecular \nlevels. We aimed to bridge innate and adaptive immune responses to uncover the \npathophysiological factors that mediate immune pathogenicity. The introductory part of the \nproject was focused on the adaptive immune response to measure how antibodies and sera \naffect spike-mediated viral infection. To monitor disease outcomes and determine vaccine \nefficacy, we evaluated the neutralizing antibody potency using an HIV-1 pseudovirus in a cohort \nof SARS-CoV-2 infection and/or vaccinated individuals. We hypothesized that high \nneutralization titer would positively correlate to immune protection and decreased disease \nseverity. The SARS-CoV-2 pseudovirus system and neutralization assay are established and \nfuture work could gain neutralization data. These results highlight a valuable complement to \nELISA-based methods and the importance of studying spike-mediated viral infection on the \nimmune response. The accompanying part of this research concentrated on the innate immune \nresponses to SARS-CoV-2 ORF3a viral infection. In this regard, it was apparent early on that \nCOVID-19 involved extensive inflammation and immune dysregulation. Therefore, we decided \nto evaluate the key regulatory factors and mediators involved in inflammasome \nformation/activation and programmed cell death by an inflammasome array. We hypothesized \nthat the SARS-CoV-2 ORF3a protein would induce pyroptosis through the upregulation of the \nNLRP3 inflammasome and its components. We found that the CCL5, MEFV, NLRC5, NLRP3, \nMOK, and TNF genes were all statistically significantly upregulated. These genes have \nimplications in both apoptosis and pyroptosis, and both cell death pathways could be activated \nsimultaneously in response to the SARS-CoV-2 ORF3a protein. These results highlight a future \napplication for therapeutic development for SARS-CoV-2 and other inflammatory diseases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».