Stability of DNA G-quadruplexes in cell lysates
Notice bibliographique
Résumé
DNA G-quadruplexes are non-canonical secondary structures that can form in guanine-rich sequences. Potential G-quadruplex forming sequences have been found in telomere and gene promoter regions of the human genome, and are potential anti-cancer drug targets (1). G-quadruplexes have been reported to interact with a number of proteins and to be unfolded by various helicases (2), however their observation and characterization in vivo is rather limited. In order to investigate the stability of G-quadruplexes in a complex protein environment, we simulate cellular conditions using HeLa cell lysates. We use Förster resonance energy transfer (FRET) spectroscopy to monitor the stability of several single stranded DNA substrates containing G-quadruplex motifs and gel electrophoresis to visualize DNA substrate integrity and eventual nuclease-induced cleavage. We observe that G-quadruplex unfolding and DNA cleavage are stronger in the presence of ATP and MgCl2. Our results suggest that G-quadruplex stability in cellular lysates is affected by nuclease cleavage and G4 binding/unfolding proteins. We have previously observed that G-quadruplexes undergo transient folding in buffer solutions with low ionic strength (3). Using single molecule FRET, we plan to investigate G-quadruplex folding/unfolding dynamics in cellular extracts. (1) Rhodes, D., & Lipps, H. J. (2015). G-quadruplexes and their regulatory roles in biology. Nucleic acids research, 43(18), 8627-8637.(2) Brázda, V., Hároníková, L., Liao, J. C., & Fojta, M. (2014). DNA and RNA quadruplex-binding proteins. International journal of molecular sciences, 15(10), 17493-17517.(3) Aznauryan, M.; Sondergaard, S.; Noer, S. L.; Schiott, B.; Birkedal, V., (2016). A direct view of the complex multi-pathway folding of telomeric G-quadruplexes. Nucleic acids research, 44, 11024-11032.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».