The utility of a Geographic Information System in the detection of Tuberculosis transmission
Notice bibliographique
Résumé
Rationale: Traditional tuberculosis contact investigation focuses primarily on contacts named by the active case, most frequently family and friends.Geographic information systems (GIS) could be a novel tool for the identification of shared locations where there may be ongoing transmission. Methods:We conducted a retrospective review of public health charts for all 1536 active TB cases in Montreal from January 1996 to December 2004 inclusively.Patients' addresses for residential, work, school and social locations were abstracted and geo-coded.We then used Crimestat and R software to identify case points within a 15 meter radius of one another.M. tuberculosis isolates underwent IS6110-based genotyping, which we used as the gold standard to determine transmission.Results: Isolates from 1043 cases were successfully fingerprinted and compared.165 (15.8%) were assigned to 57 different clusters ranging in size from 2 to 11 members, based on identical numbers and molecular weights of IS6110 bands; the remaining 878 had unique genotypes.1284 locations were successfully geo-coded, including 196 of those with genotypic matches.Of these 196 locations with genetic matches, only 17 (8.7%)TB cases shared locations within 15 meters with other members of the same RFLP-defined cluster.However, using bootstrapping techniques to compare samples of equal size, of the 1088 locations for unique cases, a mean of 18.34 cases (95% CI: 7.94 -28.64) were within 15 meters of at least one other case.Conversely, among 348 instances of shared locations, 17 (4.9%)revealed matching genotypes. Conclusion:In a retrospective analysis where most locations referred to home addresses of persons with active TB, there was limited overlap between shared locations and shared mycobacteria.These analyses show that the conventional data collected by public health officials does not identify all locations or explain all instances of local transmission, thus limiting their ability to intervene with prevention and control.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,035 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».