Whole genome sequencing for epidemiological studies of tuberculosis: a systematic review of reporting practices and factors associated with reporting quality of STROME-ID
Notice bibliographique
Résumé
Background: Whole-genome sequencing (WGS) has the potential to improve the understanding of tuberculosis (TB) epidemiology.However, standardized reporting is necessary to enhance the reproducibility and interpretation of WGS results in genomic epidemiology studies of TB to better inform public health decision-making.In 2014, guidelines called STROME-ID were published to provide recommendations for reporting in genomic epidemiology studies.Reporting practices before and after its publication were compared, and the correlation between STROME-ID reporting quality and study-level characteristics were also explored. Methods: This study is registered on PROSPERO (CRD42017064395). MEDLINE, EmbaseClassic and Embase were searched on May 3, 2017 (updated April 23, 2019).976 titles and abstracts were screened, with 114 full-texts eligible for inclusion.The proportion of STROME-ID criteria reported was tabulated for each article, and differences in means were compared before and after STROME-ID's publication date using a t-test.A 6-month lag period after STROME-ID was included to account for articles in-press; sensitivity analyses were also performed.Quasi-Poisson and tobit regression were used to assess whether h-index (HI), journal impact factor (IF), sample size (SS), and geographic region of the senior author's primary affiliation were correlated with the count and proportion of STROME-ID criteria met.Results: The proportion of applicable criteria met in included articles ranged from 16.3-75.0%(mean 49.9%, ± 11.88%), with no difference between mean proportions of criteria comparing before and after guideline publication.HI was not included in the adjusted regression analysis.Only SS was significantly associated with a greater proportion of STROME-ID criteria met.Conclusion: Reporting quality in genomic epidemiology studies of tuberculosis is variable, despite publication of STROME-ID guidelines.Future studies should investigate factors affecting adherence to these guidelines to improve the value and utility of evidence.Journal endorsement may be needed to support this.Résumé Context: Le séquençage du génome entier (SGE) possède le potentiel d'améliorer la compréhension de l'épidémiologie de la tuberculose (TB).Cependant, des rapports standardisés sont nécessaires pour améliorer la reproductibilité et l'interprétation des résultats du SGE dans les études épidémiologie génomiques de la tuberculose.Cela peut mieux éclairer la prise de décision en matière de santé publique.En 2014, des lignes directrices appelées STROME-ID ont été publiées pour fournir des recommandations sur la notification dans les études d'épidémiologie génomique.Les pratiques de déclaration avant et après sa publication ont été comparées, et la corrélation entre la qualité de la déclaration STROME-ID et les caractéristiques au niveau de l'étude a également été explorée.Methodes: Cette étude est enregistrée sur PROSPERO (CRD42017064395).Les bases de données MEDLINE, Embase Classic, et Embase ont été cherchées le 3 mai, 2017 (mise à jour le 23 avril, 2019).976 titres et résumés ont été évalués, dont 114 textes-complètes étaient inclus.La proportion de critères STROME-ID rapporter s'est tabulée pour chaque publication, et les différences entre les moyennes étaient comparées avant et après la publication de STROME-ID, à l'aide d'un test t.Une période de 6 mois après la publication de STROME-ID était inclus pour inclure les articles sous presse.En plus, des analyses de sensibilité ont été réalisés.Les régressions quasi-poisson et tobit ont été utilisés pour déterminer si l'indice-h (IH), le facteur d'impact du journal (FI), la taille de l'échantillon (TE), et la région géographique de l'affiliation de l'auteur principal ont été corrélés avec le nombre et proportion de critères STROME-ID effectués.Resultats: La proportion des critères applicables effectués dans les articles était 16,3-75,0% (taux moyenne 49,9% ± 11,88%), sans différence entre les taux moyennes de la proportion des critères comparées avant et après la publication des lignes directrices STROME-ID.IH n'était pas inclus dans l'analyse de régression ajustée.Seulement TE était associée significativement avec une plus grande proportion des critères STROME-ID effectués.Conclusion: La qualité de rapport des études épidémiologiques génomiques est variée, malgré la publication des lignes directrices STROME-ID.Les études dans le futur devraient investiguer les facteurs responsables pour maintenir l'adhérence des lignes directrices STROME-ID afin d'augmenter la qualité et l'utilité des données.L'appui des journaux pourrait être nécessaire pour augmenter l'adhérence des lignes directrices STROME-ID. Preface and contribution of authorsThis thesis contains 7 chapters.Chapter 1 provides a rationale for the research and outlines the main objectives of the thesis.Chapter 2 is a literature review summarizing the epidemiology of tuberculosis (TB), whole-genome sequencing (WGS) and its epidemiological applications, and the current reporting issues in TB epidemiology studies using WGS.Results are elaborated upon in Chapter 3. Chapter 4 explains the study methodology.The results of the thesis are presented in the form of a manuscript in Chapter 5, which will be submitted to The Lancet Microbe.Chapter 6 reports additional findings to those in the manuscript, which their interpretation is discussed in Chapter 7. The master reference list is provided at the end of the thesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,117 | 0,329 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,007 | 0,009 |
| Bibliométrie | 0,018 | 0,023 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».