Antimicrobial resistant plasmid effects on Salmonella enterica serotype Heidelberg
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella enterica serotype Heidelberg is the third most frequently isolated serotype in Canada and is of particular interest due to its resistance to cephalosporin-class antimicrobials. Through national surveillance of Canadian S. Heidelberg strains isolated from poultry sources and human infections, we previously demonstrated that human and animal-derived isolates were genetically similar (ST15) and that structurally similar IncI1 plasmids harbouring the blaCMY-2 gene were predominantly responsible for cephalosporin-resistance. Here, we focus on the impact of two variants (pCMYN13-02944A and pCMY12-2460C) of a well-characterized and widely disseminated IncI1plasmid on the core physiology of an S. Heidelberg strain isolated from Canadian national surveillance. The plasmids were transferred via conjugation to a susceptible and previously whole-genome sequenced (WGS) S. Heidelberg isolate (N13-01291) to form isogenic strain pairs. Illumina WGS was performed on the parent and transconjugants to monitor genetic alteration introduced during conjugation. Plasmid maintenance and viability were assessed using the PMAxx™ (Biotum, Inc., Hayward, CA, USA) photoreactive viability dye followed by quantitative polymerase chain reaction (PCR). Growth curves and Biolog Omnilog (Biolog, Hayward, CA, USA) phenotypic microarrays were performed to analyze the effects of the plasmids of interest on fitness and growth kinetics. The presence of either plasmid resulted in observable changes in growth kinetics compared to N13-01291. Biofilm assays were performed using 0.1% (w/v) crystal violet staining which determined that N13-01291, N13-01291/pCMYN13-02944A, and N13-01291/pCMY12-2460C are poor biofilm producers. Phylogenomic analysis of the isogenic strain pairs indicated the presence of a shared single nucleotide variant (SNV) and a unique SNV in the presence of either plasmid which affected various changes in growth kinetics. Proteomics were analysed using tandem mass tags and LC- MS/MS analysis. In the presence of one plasmid (pCMYN13-02944A), there were 341 significantly detected proteins that had a log2-fold change ≥ 1 and 72 that had a log2-fold change ≥ 2. In the presence of plasmid (pCMY12-2460C), there were 415 significantly detected proteins that had a log2-fold change ≥ 1 and 96 proteins that had a log2-fold change ≥ 2. In conclusion, the presence of either IncI1 plasmid influenced changes in growth and proteomic expression when present in the host isolate N13-01291.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».