Advancement of abrin toxin bioforensics capabilities
Notice bibliographique
Résumé
Abrin toxin, located in the seeds of Abrus precatorius, is a potent Type II Ribosome-Inactivating Protein (RIP) A-B subunit toxin that has acquired a heightened biothreat profile over the past decade. Significant research efforts must be made in order to develop abrin bioforensics diagnostic response capabilities to the level which is currently in place for ricin, another Type II RIP toxin with similar molecular structure and mechanism of toxicity. To serve this endeavor, three interrelated investigations have been carried out. The first study addresses the need to expand the supply of anti-abrin monoclonal antibody (mAb) reagents. Monoclonal antibodies were developed from hybridomas immunized with synthetic peptides derived from in silico prediction of abrin B-cell epitopes. Two epitopes produced nine abrin-reactive mAbs. Secondly, an attenuated, antigenically-faithful recombinant proabrin holotoxoid was expressed and purified using the baculovirus system for purposes as both an immunogen in future hybridoma experiments, as well as a non-toxic ‘safe antigen’ diagnostic reagent standard. The reduction in toxicity of proabrin relative to wild-type abrin was 108-fold in cell-free translation assay, and 291- to 302-fold in cytotoxicity assays. Finally, the third study combined shotgun proteomics with multivariate analysis differentiation methods in order to retrospectively identify six toxin extraction protocols with further sub-variation of reagent source. Differentiation was based solely on forensic proteomic signatures of carryover seed proteins. A 5-way hierarchical sPLS-DA model correctly classified samples into 8 extraction categories with 100 percent accuracy. Continued assessment of FASP LC-MS/MS and sPLS-DA modelling for attribution of plant toxin extraction methods may lead to establishment of a novel bioforensics diagnostic platform. Together, these three studies serve to advance Canadian bioforensics capabilities and to provide a foundation for future work.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».