An Analysis of the Affinity and Stability of Base Pair Modifications of the Glucose-Binding and Cocaine-Binding Aptamers
Notice bibliographique
Résumé
Aptamers are selected to bind to their ligands, usually with high affinity and selectivity for targets. An aptamer was previously selected to bind glucose with a Kd of 10mM which is physiologically relevant as the blood glucose concentration typically falls between 4-11 mM. NMR spectroscopy is suited to study weak aptamer-ligand interactions and was used to investigate the affinity of sequence modified glucose-binding aptamers to try and determine a sequence with a greater binding affinity. Three of thirteen modifications bound to glucose, the change of a G-T base pair to a G-C base pair (Glumod-7) with a Kd of 2.9mM±0.3mM, the alteration of the terminal triloop from a C-T-C to a G-A-A (Gumod-8) with a Kd of 12mM±3mM, and the truncation by 3 base pairs (Glumod-12) which was too weak to determine a Kd. Glumod-7 was the only sequence which had a comparable Kd and would require further investigation in terms of stability using NMR thermomelts. Cocaine-binding aptamers are intriguing as they are composed of three stems centered around two mismatch A-G base pairs and are very well studied in terms of secondary structure and affinity. The thermostability of cocaine-binding aptamers as a function of number of base pairs in stem one was investigated by DSC. There was a trend observed of increasing in stability from 1 base pair to 6 base pairs with a decrease seen at 7 base pairs. The most thermodynamically stable aptamer was determined to be MN4, a preformed structure.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».