An Analysis of the Affinity and Stability of Base Pair Modifications of the Glucose-Binding and Cocaine-Binding Aptamers
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Notice bibliographique
Résumé
Aptamers are selected to bind to their ligands, usually with high affinity and selectivity for targets. An aptamer was previously selected to bind glucose with a Kd of 10mM which is physiologically relevant as the blood glucose concentration typically falls between 4-11 mM. NMR spectroscopy is suited to study weak aptamer-ligand interactions and was used to investigate the affinity of sequence modified glucose-binding aptamers to try and determine a sequence with a greater binding affinity. Three of thirteen modifications bound to glucose, the change of a G-T base pair to a G-C base pair (Glumod-7) with a Kd of 2.9mM±0.3mM, the alteration of the terminal triloop from a C-T-C to a G-A-A (Gumod-8) with a Kd of 12mM±3mM, and the truncation by 3 base pairs (Glumod-12) which was too weak to determine a Kd. Glumod-7 was the only sequence which had a comparable Kd and would require further investigation in terms of stability using NMR thermomelts. Cocaine-binding aptamers are intriguing as they are composed of three stems centered around two mismatch A-G base pairs and are very well studied in terms of secondary structure and affinity. The thermostability of cocaine-binding aptamers as a function of number of base pairs in stem one was investigated by DSC. There was a trend observed of increasing in stability from 1 base pair to 6 base pairs with a decrease seen at 7 base pairs. The most thermodynamically stable aptamer was determined to be MN4, a preformed structure.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle