Characteristics of Escherichia coli sequence type 131 isolates that produce extended-spectrum β-lactamases: global distribution of the H30-Rx sublineage
Notice bibliographique
Résumé
We designed a study to describe the characteristics of sequence type 131 (ST131) lineages, including the <em>H</em>30-Rx sublineage, among a global collection of extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli isolates from 9 countries collected from 2000 to 2011. A total of 240 nonrepeat isolates from Canada, the United States, Brazil, the Netherlands, France, the United Arab Emirates (UAE), India, South Africa, and New Zealand were included. Established PCR, sequencing, and typing methods were used to define ST131 lineages, <em>H</em>30 and <em>H</em>30-Rx phylogenetic groups, <em>gyrA</em> and <em>parC</em> mutations, virotypes, and plasmid-mediated quinolone resistance determinants. The majority of the isolates produced CTX-M-15 with <em>aac(6â²)-lb-cr</em>, belonged to phylogenetic group B2, and were positive for the <em>H</em>30 lineage with the <em>gyrA1AB</em> and <em>parC1aAB</em> mutations. ST131 showed 15 distinct pulsotypes; 43% of the isolates belonged to four pulsotypes, with a global distribution. Seventy-five percent of the ST131 isolates belonged to <em>H</em>30-Rx; this sublineage was present in all the countries and was associated with multidrug resistance, <em>bla</em><sub>CTX-M-15</sub>, <em>aac(6â²)-lb-cr</em>, and virotypes A and C. The <em>H</em>41 lineage was negative for the ST131 <em>pabB</em> allele-specific PCR. The multidrug-resistant <em>H</em>30-Rx sublineage poses an important public health threat due to its global distribution, association with virotype C, and high prevalence among ST131 isolates that produce CTX-M-15.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».