The evolution of the pathogen «Mycobacterium avium» subsp «paratuberculosis»
Notice bibliographique
Résumé
The genus Mycobacterium is best recognized for its pathogens M. tuberculosis and M. leprae, the etiologic agents of Tuberculosis and Leprosy. Sequencing of their genomes has revealed an evolutionary process of reductive genomics. Another common species, the M. avium complex (MAC), consists of both environmental isolates that can cause opportunistic infection in humans as well as pathogenic isolates that cause disease primarily in birds and livestock. The basis of this variation in disease phenotypes is unknown. Two genome sequences representing a pathogen of cattle, M. avium subsp. paratuberculosis (MAP) and an opportunistic isolate from a human (M. avium subsp. hominissuis) have served as the foundation for the comparative genomics of MAC. This is complicated by a level of genetic variability one log greater than found within the M. tuberculosis complex (MTBC), and by the existence of other MAC subsets beyond the two sequenced strains. In this thesis, I set out to define the phylogenetic relationships of the various members of MAC and explore the evolutionary processes that led to the emergence of the pathogenic species MAP. An identification scheme was developed to unambiguously brand subsets of MAC, a tool lacking in the past thus hampering data interpretation. Expansion to a multilocus sequence analysis (MLSA) system revealed that the MAC consists of a highly variable group with most of the genotypes belonging to what is considered to be the environmental subset. However, both the avian and MAP pathogens manifested as two separate clones that have independently evolved from their larger subset. The distribution and directionality (insertion or deletion) of large se
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».