Functional characterization of oligoadenylate synthetase (OAS) by dual polymerase-endoribonuclease assay
Notice bibliographique
Résumé
The innate immune system includes a class of viral double stranded RNA (dsRNA) binding enzymes known as 2’-5’-oligoadenylate synthetases (OAS). The OAS family detects viral dsRNA and initiates downstream processes. The binding of viral dsRNA by OAS enables catalysis of substrate ATP into 2′-5′-linked oligoadenylate chains (2-5A). 2-5A chains longer than 3 nucleotides then activate an RNA degrading enzyme named RNase L, which in turn non-specifically degrades cellular and viral RNA causing host cell death. My research group has been investigating the interaction between the smallest OAS family member, OAS1 (42 kDa), with a double-stranded region of the West Nile virus (WNV) RNA genome. This region of the genome is conserved amongst the Flaviviridae family of viruses, of which WNV is a member. Therefore, the goal of my work is to see whether similar RNA regions in other Flaviviridae members using Zika Virus, Japanese Encephalitis Virus, WNV and Dengue Virus as model systems for studying this interaction. The approach will be to produce viral RNA from the conserved regions and determine the minimal RNA required for binding of OAS1 and catalytic activation of OAS1. I have produced a dual OAS-RNase L activity assay which provides data in shorter time intervals, measures OAS activity and RNase L activity simultaneously, and requires very low concentrations of reactants. The data obtained from this assay will be used to assess activation of OAS enzyme by flavivirus RNA and help paint a more complete picture of OAS mechanism of action.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».