Identification and molecular characterization of Canadian strains of potato late blight and potato wart
Notice bibliographique
Résumé
Phytophthora infestans (Mont.) de Bary (potato lateblight) and Synchytrium endobioticum (Schilb.) Percival(potato wart) are plant pathogens with devastating impacton potato crops worldwide. For example, P. infestans wasthe causal agent of the Irish potato famine in 1845, whileS. endobioticum is one of the most important quarantinepathogens infecting potato. Both pathogens are present inCanada, and more diagnostic tools are needed to detect,identify and characterize them. The objective of thisproject is to develop single nucleotide polymorphisms(SNPs), microsatellites and allele specific oligonucleotides(ASO) from genomic and transcriptomic data toidentify and characterize Canadian strains of P. infestansand S. endobioticum. Mining of P. infestans genomerevealed several regions containing SNPs, both in genesand in flanking sequences of microsatellites loci. NineASO-PCR assays were developed from these SNPs,allowing the unambiguous identification of the fiveCanadian genotypes of this pathogen. Markers for 20microsatellite loci were also developed from the draftgenome sequence of S. endobioticum, obtained by NGSof a Dutch isolate of race 1. Until now, six loci weretested on a panel of samples from the Netherlands andCanada. Genotyping revealed that four loci were variable,and that our samples comprised at least five multilocusgenotypes. The two Canadian DNA samples tested wereidentical, and similar to the most frequent genotype found in our samples. Additional markers are needed to improveresolution and to determine if all the S. endobioticumstrains found in Canada have the same multilocusgenotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».