The identification of a novel regulator of «Mycobacterium tuberculosis» Sigma Factor K through the use of transposon mutagenesis
Notice bibliographique
Résumé
Mycobacterium tuberculosis, M. bovis and the Oryx bacillus are genetically similar bacteria which cause tuberculosis in distinct host species. The ability of these bacteria to survive and cause disease depends on their capacity to adapt to the various stresses that they are exposed to within their respective hosts. A key mechanism of bacterial adaptation to changing conditions involves alteration of gene expression through the use of alternative sigma factors. SigK is an alternative sigma factor shared by these three bacteria that is responsible for the regulation of a small regulon of 11 genes, including those coding for the antigenic proteins, MPT83 and MPT70. In previously published work, it has been shown that the activity of SigK is controlled by the anti-sigma factor, RskA, and that RskA has undergone independent mutations in M. bovis and the Oryx bacillus, resulting in constitutive SigK activity. To further investigate the regulation of SigK across these three bacteria, a transposon mutant library was created in M. smegmatis to search for additional regulatory partners. Through the use of luciferase reporter plasmids, 1700 transposon mutants were screened for impaired SigK activity. The lipoprotein LppZ was identified as an essential partner for SigK regulation in the context of the Oryx bacillus. Further luciferase assays revealed that LppZ functions through amino acids 122-193 of RskA from M. tuberculosis. LppZ has been mutated in M. bovis and appears to be non-essential in terms of SigK regulation within this bacteria, a result of the mutations in RskAbovis which have created an independent SigK-RskA system which requires no additional partners. Lastly, complementation studies revealed that the full length LppZ including the lipoprotein anchor is required for proper SigK activity. These results further elucidate the complex regulation of SigK between these three bacteria and in the future may help to understand the induction and function of this regulon.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».