Mapping of quantitative trait loci (QTLs) in Thinopyrum intermedium for Fusarium graminearum tolerance and agronomic traits
Notice bibliographique
Résumé
Despite the significant benefits that intermediate wheatgrass (Thinopyrum intermedium) provides for soil health and carbon sequestration, its potential in Canada's commercial production landscape is yet to be fully realized. As a result, the University of Manitoba's perennial grains breeding program is focused on developing IWG cultivars with increased grain yields and greater resistance to Fusarium graminearum. Genetic analysis was performed to improve our understanding of these traits in IWG. A genetic map consisting of 865 markers covering 20 linkage groups was developed in R using the package OneMap (Margarido et al., 2007). The map was developed using genetic and phenotypic data from 150 F1 progeny and two parents (UM2014-0001 and UM2014-0044) from cycle two UMB selections. The JGI public access intermediate wheatgrass consensus map (v3.1) was used as a reference. Quantitative trait locus (QTL) analysis was performed using composite interval mapping (CIM) in the R package fullsibQTL (Gazaffi et al., 2014) with a LOD threshold of 3. The results revealed 52 QTLs associated with Fusarium head blight (FHB) severity and incidence measurements and 52 QTLs associated with various agronomic traits. One large effect QTL for seed number and two large effect QTLs associated with FHB severity and incidence were identified. The future use of marker assisted selection in the UMB population is discussed in relation to 13 relevant QTLs. Broad-sense heritability estimates revealed plant height, thousand kernel weight, and seed number were highly heritable traits, while tiller number and crown diameter were largely controlled by environmental factors. Among this population, reciprocal crosses involving UM2014-0001 exhibited significantly larger seed masses, while UM2014-0002 parents produced 22.8% more seeds. UM2014-0044 parents displayed superiority in forage related traits (crown diameter and plant height). Trait relationships and genetic analysis of agronomic and FHB resistance traits has provided insights to advance future IWG breeding programs. This research enables marker-assisted selection to breed for IWG crops that meet the demands of our food system while addressing the environmental challenges this system has created.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».