Molecular analysis of three Canadian Mumps outbreaks in mainly vaccinated populations
Notice bibliographique
Résumé
The introduction of the Measles, Mumps, and Rubella (MMR) vaccine to Canada in 1983 successfully eradicated measles and rubella, though the mumps virus (MuV) continues to persist. Recently an increase in mumps outbreaks due to genotype G mumps infections was observed in vaccinated young adult populations. Characteristics of the mumps outbreaks in Canada were explored using data from outbreaks in Manitoba, Newfoundland, and Nova Scotia. A new method of whole genome sequencing (WGS) using the pull-down of mumps-specific sequences was developed that allows for direct sequencing from clinical samples with a success rate over 70%. This method obtained 299 whole genome sequences from provincial outbreaks that were analyzed using Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees. Several conclusions can be reached from this analysis: i) WGS is a superior method to resolve and explore mumps outbreaks when compared to traditional SH gene sequencing; ii) The outbreaks are due to the endemic circulation of mumps in Canada; iii) endemic circulation of mumps likely occurs freely within both Canada and the USA. Using epidemiological data available for Manitoba, it was determined that the risk of being infected with a mumps strain that contained a non-synonymous mutation compared to a mumps genotype G consensus was eight times higher in those who only had one dose of an MMR vaccine. This suggests some single nucleotide variants might be linked to vaccine escape factors. A cross-reactivity study was conducted between the vaccine strain (genotype A) and the circulating strain (genotype G) to investigate potential reasons for waning vaccine immunity. The study used convalescent sera from mumps cases in vaccinated or unvaccinated individuals and vaccinated individuals with no mumps history. Multiple approaches were employed, including western blot, ELISA, and an attempt at Plaque Reduction Neutralization Test. The overall results were inconsistent, possibly due to a lack of cross-reactivity or variations in individual IgG immune responses. Further experimental work is required to test this hypothesis. This project has helped characterize the mumps outbreaks in Canada and has identified potential groups that may be at an increased risk for future outbreaks. Public health can use this information to help prevent or control future outbreaks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».