Synthesis and structural studies of nucleic acids
Notice bibliographique
Résumé
The first project focused on the synthesis of 4-15N-2′-deoxycytidine as a tool to study the B- to Z-DNA transition using 15N NMR. This study investigated alternative methods for synthesizing 15N enriched 2′-deoxycytidine at the 4-NH2 position. As a model study, ammonium chloride was used as the 15N source to synthesize 5-methyl-2′-deoxycytidine from thymidine. This chemistry was successfully applied to the synthesis 4-15N-2′-deoxycytidine from 2′-deoxyuridine. In addition, the 15N NMR detection limit was also established to determine the feasibility of studying DNA structures using 15N 1D NMR. \nThe second project involved finding ‘difficult sequences’ in solid-phase oligonucleotide synthesis through phosphoramidite chemistry. Using 18-mers as models, all mathematically possible repeating trinucleotides, dinucleotide, and mononucleotide sequences were synthesized, and the overall yields were analyzed by anion exchange high performance liquid chromatography. It was concluded that depurination was a major contributor to decreased yields in purine-rich sequences. In addition, certain dinucleotide-repeat sequences, especially d(CG) and d(GC), were associated with low overall yields for reasons unknown at this time. \nThe last project involved the identification of alternative detritylation composition for industrial solid-phase oligonucleotide synthesis. These compositions include acids, solvents, and carbocation scavengers. The acid currently used in industrial oligonucleotide solid-phase synthesis is dichloroacetic acid, which has a short shelf life and contains impurities that react with the desired reaction product. For solvents used in the detritylation reaction, toluene and dichloromethane are currently used. While dichloromethane is not preferred in industry, toluene has been known to swell the polystyrene solid support creating an issue during detritylation. Furthermore, the use of carbocation scavengers helps to remove the cleaved DMTr+, preventing it from re-protecting 5′-OH. However, some scavengers have been reported as problematic for this purpose. The results of this project provided a potential alternative acid, namely difluoroacetic acid, investigated and explained the reason for the current solvent choice, and studied the feasibility of scavengers used in the literature.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».