Up-frameshift proteins and their distinct roles in HIV-1 RNA metabolism
Notice bibliographique
Résumé
HIV-1 co-opts host cell proteins at every step of its replication cycle to ensure proper replication.Our work identified that the HIV-1 genomic RNA is not a substrate for nonsense-mediated mRNA decay (NMD) even though it has multiple open reading frames as well as a long 3'UTR.We demonstrate that Up-frameshift protein 1 (UPF1) is involved in HIV-1 genomic RNA stability such that overexpression of UPF1 increases HIV-1 genomic RNA levels and Gag translation.Moreover, the role of UPF1 in HIV-1 is NMD-independent, is observed in both nuclear and cytoplasmic compartments and does not require binding to UPF2.Furthermore, the shuttling function of UPF1 is required for HIV-1 genomic RNA export since a UPF1 nuclear export mutant sequesters the genomic RNA in the nucleus and a nuclear localization mutant does not immunoprecipitate with the HIV-1 genomic RNA.UPF1's role in HIV-1 genomic RNA export is observed in both Rev-dependent and -independent conditions.In addition, UPF1 is found in complex with Rev, CRM1, Nup62 and DDX3, cellular proteins with already characterized roles in HIV-1 genomic RNA export.Lastly, we also identified UPF2 as a negative regulator, such that its binding to UPF1 results in the nuclear sequestration of the HIV-1 genomic RNA.We have identified a possible mechanism to explain how HIV-1 escapes the RNA quality control mechanism of NMD by co-opting UPF1 function for efficient HIV-1 genomic RNA export, stability and translation.iii
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».