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Enregistrement W7062815479

Widening the spectrum of TTN myopathies: identification of a novel variant causing a variable mild myopathy with multiple contractures

2017· dissertation· en· W7062815479 sur OpenAlexfundno aff

Notice bibliographique

RevueeScholarship@McGill (McGill) · 2017
Typedissertation
Langueen
DomaineEngineering
ThématiqueNuclear reactor physics and engineering
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesFondation du Grand défi Pierre LavoieMcGill University
Mots-clésMissense mutationTitinExome sequencingMuscular dystrophyExonMyopathyDysferlinCompound heterozygosityGene
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The gene Titin (TTN) encodes the largest sarcomeric protein residing within the striated muscle cells. The protein is considered to include many domains: the N-terminal that incorporates the Z- line, the I-band, and the A-band as well as the M-line at the C-terminal. TTN mutations are known to cause a wide spectrum of disorders including tibial muscular dystrophy (TMD), limb–girdle muscular dystrophy type 2J (LGMD2J), and autosomal recessive early onset myopathy with fatal cardiomyopathy (EOMFC). Next-generation sequencing allows a large number of gene exons to be sequenced at once providing the opportunity to easily analyze giant genes such as TTN. Rare missense variants that are considered to be pathogenic represent a small percentage of hundreds of rare TTN missense variants that are identified; therefore, missense mutations are considered to be frequent in TTN and usually benign. Today, clinical diagnostic testing is able to analyze over 150 myopathy genes, including TTN; however, the size and the scale of variation in this gene are of great clinical challenge when it comes to identifying disease-causing mutations. We recruited a large Iranian family presenting with a dominantly inherited variable myopathy with multiple contractures. Whole exome sequencing performed on four affected individuals from the family uncovered only one shared novel variant in TTN. The variant: c.36877A>T causes a substitution of Isoleucine to Phenylalanine at the position 12293 within the Ig-like 82 domain of the I-band, which is largely composed of Ig-like domains and is believed to be responsible for the molecule's extensibility and elasticity. This variant has never been reported in public databases and is predicted to be disease causing by the MutationTaster, SIFT, Polyphen2 and I-Mutant software. The identification of a rare TTN missense variant co-segregating with a variable myopathy with multiple contractures phenotype suggests the importance of TTN as a disease-causing gene in milder myopathy phenotypes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,030
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,204
Écart entre enseignants0,194 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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