Understanding the evolutionary origin and ancestral composition of honey bee (Apis mellifera) populations.
Notice bibliographique
Résumé
The honey bee, Apis mellifera, is arguably the most important managed pollinator globally. Yet despite its economic and ecological importance, there are still several unknowns regarding the species ancestral origin and ancestral complexity. Understanding the genetic composition of native and managed honey bee colonies is imperative for resolving the species life history and elucidating how ancestry may inform management strategies. In this dissertation, I take a deep dive into the evolutionary origins of Apis mellifera and learn how ancestral complexity has shaped the composition of contemporary populations. In Chapter two, I settle a long-standing debate about the ancestral origins of the species. I find that Apis mellifea diverged out of Western Asia via at least three colonization routes, which resulted in the evolution of at least seven genetically distinct lineages. Interesting, I find that these lineages were able to adapt to their current distribution by repeated selection among a core set of genes. In Chapter three, I take a closer look at the genetic complexity of managed Canadian honey bees by estimating the ancestral composition of colonies using the genomic dataset from Chapter two. I find that patterns of ancestry differ between Canadian provinces, and that admixture correlates strongly with levels of genetic diversity. Interestingly, I find that genomic intervals with elevated levels of admixture segregate non-randomly in the genome and are associated with genes related to parasite and xenobiotic tolerance. Though admixture may bear advantages for managed colonies, admixture among honey bee is not always valued. In Chapter four and five I make use of the ancestral composition of invasive Africanized honey bees to develop assays to identify and track populations. This was achieved using machine learning models to choose the most informative single nucleotide polymorphisms (Chapter 4) and insertion-deletion (Chapter 5) markers that best delineate Africanized genetics from managed European colonies. My research addresses many gaps in our understanding of honey bee origins and ancestral complexity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».