Biomimetic Aminoacylation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract “Biomimetic Aminoacylation” Svetlana K. Tzvetkova Doctor of Philosophy, 2008 Graduate Department of Chemistry University of Toronto The accuracy of ribosomal protein synthesis depends on the fidelity of highly specific enzymes, aminoacyl tRNA synthetases, towards amino acid – tRNA pairs. These biological catalysts are responsible for activating the amino acids as aminoacyl adenylates and for their subsequent attachment to the 2’- or 3’-OH at the 3’-terminal of the correct tRNA to give aminoacyl-tRNA. Extended diversity in protein structure and function could be achieved if non-natural side chains can be introduced in protein synthesis. This requires that the acceptor stem of a tRNA molecule be synthetically aminoacylated. The most widely used methods for charging tRNA with non-natural amino acids involve multi-step synthesis of an aminoacyl-pCpA and its consequent enzymatic ligation to truncated tRNA. No direct route to these species has been reported. We have developed a method for direct biomimetic aminoacylation of the 3’-terminal hydroxyls of tRNA. Our approach shows to be promising in reactions leading to direct 2’- or 3’-O-aminoacylation of not only nucleosides and nucleotides but also RNA in general and tRNA in particular. The system we have developed provides: 1) efficient activation of the amino acids as aminoacyl phosphates, analogues of the enzymatic intermediates, and 2) specific recognition of the 3’-terminal of tRNA by lanthanide ions present in the reaction. The aminoacylating reagents used in our studies were carefully selected to provide handles to follow the reaction: UV absorbance, fluorescence spectroscopy and 19F NMR. Lanthanide (III) ions can play a role similar to a key part of the aminoacyl tRNA synthetases – they bring the aminoacyl close to the 3’-terminal of tRNA, in this case by forming a bis-bidentate complex with the aminoacyl phosphate and the 2’,3’-diol functionality of the 3’-terminal adenosine. This process relies on the specificity towards the unique 3’-terminal diol on tRNA, provided by the metal ion and the simultaneous complexation of the aminoacyl phosphate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,012 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».