Characterization of the UDP-Glc/GlcNAc 4-epimerase AglW from the archaeon Methanococcus maripaludis using glycosyltransferase coupled assays
Notice bibliographique
Résumé
Archaea are ubiquitous single-celled microorganisms that have often adapted to harsh conditions and play important roles in biogeochemical cycles with potential applications in biotechnology. Methanococcus maripaludis, a methane-producing archaeon, is motile through multiple archaella on its cell surface. The major structural proteins (archaellins) of the archaellum are glycoproteins, modified with the N-linked tetrasaccharide: 4-deoxy-5-O-Me-ManNAc β1-4 ManNAc3NAmA6Thr β1-4 GlcNAc3NAcA β1-3 GalNAc β-Asn, where the sugar 4-deoxy-5-O-Me-ManNAc is found exclusively in this species. The attachment of the N-linked tetrasaccharide to archaellins is required for proper motility of M. maripaludis. The aglW gene encoding the putative UDP-Glc/GlcNAc 4-epimerase AglW plays a key role in the biosynthesis of the unique terminal sugar residue found in the N-linked tetrasaccharide. The goal of this study was to biochemically demonstrate the 4-epimerase activity of AglW, and to develop glycosyltransferase (GT) coupled assays to determine its substrate specificity and properties. We carried out coupled assays using UDP-Gal, UDP-Glc, UDP-GlcNAc, UDP-GalNAc and GlcNAc/GalNAc-diphosphate – lipid as substrates. We established that AglW is active without the addition of divalent metal ions or NAD+ and has a broad specificity towards UDP-sugars. We also showed that tyrosine-151 within a conserved YxxxK sequon is essential for the 4-epimerase function of AglW. The GT-coupled assays are generally useful for the identification and specificity studies of novel 4-epimerases. The results of this work provide insight into the synthesis of complex N-glycans in M. maripaludis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».