Comparative study of raw and thermally treated peanut major allergen post- translational modifications (PTMs)
Notice bibliographique
Résumé
Introduction. Peanut allergy affects a large portion of world population causing reactions ranging \nfrom mild to severe. Major peanut allergen IgE epitopes are well characterized but little is known \nabout their post-translational modifications (PTM) and how they are affected by thermal \ntreatment. PTM profile may differ between raw and thermally treated peanut, which could affect \nits allergic potential depending on type, size and position of modifications. \nObjective. Our aim was to analyse and compare PTM profiles of 4 major peanut allergens - Ara h 1, \nAra h 2, Ara h 3 and Ara h 6, as well as their amounts in raw and roasted samples using bottom-up \nproteomics methods. \nMethodology. Full peanut protein extracts (both thermally treated and non-treated) were digested \nin gel and in solution, and analysed by a Top10 nLC-MS/MS method by LTQ Orbitrap XL (Thermo \nFisher Scientific Inc., Germany). Within the extracts major allergens - Ara h 1, Ara h 2, Ara h 3 and \nAra h 6 were identified, label free quantified (LFQ) and searched for PTMs by Peaks X software \n(Bioinformatics solutions Inc.I, Canada). Epitope sequences were acquired from the Immune \nEpitope Database (IEDB www.iedb.org). \nMain findings. LFQ results show that there is no significant change in the amountsof any of the \nstudied allergens between raw and roasted extracts.Out of the 4 allergens Ara h 6 is modified in the \nhighest portion, with respect to the protein size: 15% and 12% of its positions are modified in raw \nand roasted sample, respectively. Total of 21 modifications were quantified between the two \npreparations, with oxidation (M), methylation (K,R) and dethiomethylation affecting the largest \nnumber of peptides. \nConclusions. Peanut allergen epitopes are indeed carriers of PTMs that differ in pattern and \nquantity between treated and non-treated extracts. The in silico discovered PTMs could affect \nprotein digestibility and allergenicity. Further investigation is necessary in order to fully understand \nthe impact protein modifications could have on their allergenic potential.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».