Comparing the molecular epidemiology of tuberculosis in the Iniut and other Canadian-born populations of Quebec
Notice bibliographique
Résumé
Population-based molecular epidemiologic studies of tuberculosis have been widely performed to assess the burden of ongoing TB transmission within a population. By genotyping M. tuberculosis isolates (M.TB), cases with matching DNA "fingerprints" are inferred to be due to ongoing transmission, and those with non-matching or "unique" fingerprints are inferred to represent re-activation disease. Two population-based molecular epidemiologic studies using three genotyping methods (IS6110 RFLP, spoligotyping and MIRU) are presented here. The first study examines all TB cases among the Inuit community if Nunavik, Quebec (1990-2000). Our analysis identified previously unrecognized inter-village transmission and estimated that at least 65% of TB cases were due to ongoing transmission. The second study is a case-control study that examines a pyrazinamide-resistant (PZA-R) M.TB strain present in the Canadian-born population (1990-2000). We observed that 77 PSA-R TB cases shared a common mutation conferring the PZA resistance. In this low-incidence setting, the cases were most likely due to reactivation from a common but old PZA-R M.TB strain in the absence of significant ongoing transmission. In contrast to the Inuit case-study where 76% of cases had matching genotypes across all three modalities, only 19% of PZA-R cases and 13% of Canadian-born controls were clustered by the same analysis. The utility of cluster analysis in the understanding of the transmission patterns of TB in these two different populations are compared and discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».