Development and optimization of methods for molecular detection of sexually transmitted blood-borne infections in wastewater
Notice bibliographique
Résumé
Sexually transmitted blood-borne infections (STBBIs) are a group of infectious diseases that spread through sexual contact or blood-to-blood contact. STBBIs are of international concern due to their severe impact on quality of life and morbidity. Surveillance strategies are imperfect, in part due to the frequency of asymptomatic infection. Wastewater-based testing (WBT), the analysis of sewage influent for a pathogen, is one possible solution to supplement current clinical surveillance approaches. WBT has proven to be an effective strategy for monitoring the spread of other pathogens, including SARS-CoV-2 and its variants by allowing for the community-level detection of the infection markers and can act as an early indicator of transmission that precedes clinical indicators. In this work, detectability in wastewater was investigated for six pathogens: Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Hepatitis B Virus (HBV), Hepatitis C Virus (HCV), Human papillomavirus (HPV) types 16 and 18, and Human Immunodeficiency virus (HIV). Neither HIV nor HCV were detected in this study in any Canadian wastewater samples. N. gonorrhoeae, C. trachomatis, HBV, and HPV-16/18 were detected in the solids fraction of wastewater. The methodology was optimized by evaluating multiple extraction kits and input volumes, resulting in a final protocol utilizing 100 mL of wastewater influent extracted with the MagAttract PowerMicrobbiome DNA/RNA Kit. This protocol was employed to survey nine to eleven Canadian correctional facilities and one urban wastewater treatment plant over two six-week testing periods for N. gonorrhoeae, C. trachomatis, HPV-16/18, and HBV. Methods were also developed to evaluate circulating HPV genotypes using Illumina high-throughput sequencing technology. Using direct-to-sequencing primers conjugated to the GP5+/GP6+ primers, two urban wastewater treatment plants, two town sites, and three correctional facilities were surveyed. Ultimately, we detected 26 distinct HPV types, all belonging to the alpha-papillomavirus genus. This included high- and low-risk types, types of unknown risk, and cutaneous and mucosal types. Ultimately, the ability to detect STBBIs in wastewater can strengthen existing public health surveillance systems and allows for targeted allocation of outreach and resources to affected communities.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».