Discovery and characterization of PKLR gene variants from malaria endemic regions
Notice bibliographique
Résumé
Malaria has subjected a strong selective pressure on the human genome. Several well-known erythrocyte protein variants, including hemoglobin S (causing sickle cell anemia) and functional variants in glucose-6-phosphate dehydrogenase (leading to deficiency in this enzyme) have been associated with protection against severe malarial disease and are distributed in regions which are historically and currently endemic for malaria. First identified in mice, then confirmed in vitro in human erythrocytes, pyruvate kinase deficiency appears to protect against Plasmodium infection. We hypothesize that functional variants within the pyruvate kinase erythrocyte gene (PKLR) will be identified within populations from malarial endemic regions, and that these variants will be associated with reduced severity of malarial phenotypes. The exons and intron/exon junctions of the PKLR gene were sequenced for a subset of participants within three longitudinal studies from areas of high and intermediate endemicity (Senegalese villages, Dielmo and Ndiop, and cluster of villages along the Thai-Myanmar border). Three non-synonymous mutations were discovered in the sequenced cohort: the L272V mutation within the Ndiop community, as well as the V269F and R41Q mutations from the Thai community. Genotyping of the R41Q mutation (not previously reported in the literature) within the Thai study population revealed a minor allele frequency of approximately 4.5%. While a biochemical assay of this mutation failed to indicate any effect on enzymatic activity, women heterozygous for R41Q exhibited a significant decrease in the number of P. falciparum attacks in comparison to non-variant homozygotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».