Determining the role of replication stress and proliferating cell nuclear antigen SUMOylation in its telomere localization
Notice bibliographique
Résumé
In order to achieve replicative immortality, cancer cells must maintain their telomeres - tandem repeats located at the terminal sequences of chromosomes - to counter the loss of genetic material due to the end replication problem. Ten-fifteen percent of all cancers utilize a telomerase-independent homologous recombination-based mechanism to maintain and elongate their telomeres. It is hypothesized that this mechanism is active in ALT-associated promyelocytic leukemia bodies (APBs) due to the recruitment of telomeres, extrachromosomal telomeric repeats, proteins involved in DNA repair and maintenance and the elevated levels of SUMOylated - a post-translational modification important for replication stress response - proteins in these membraneless organelles. Proliferating cell nuclear antigen (PCNA) - a protein crucial for DNA replication and repair - can be SUMOylated at Lysine residue K164 and K254 and may be part of the ALT replisome. As such, my research aims to reveal the role of replication stress and the role of SUMOylation on PCNA localization with the use of recombinant flagged-tagged PCNA (WT, K164R and K164R/K254R) and SUMO-fusions of flagged-tagged PCNA (WT-SUMO, K164R-SUMO and K164R/K254R-SUMO). Treating cells with 6h-2000μM of hydroxyurea - a drug that promotes nucleotide deprivation by inhibiting ribonucleotide reductase - induces replication stress in ALT+ SW-26 and VA13 cells and in TERT+ SW- 39 and HEK293 cells which can be monitored with phosphorylated RPA levels through western blotting. Furthermore, the localization of recombinant PCNA variants to telomeres can be visualized using fluorescence in situ hybridization coupled with immunofluorescence (FISH-IF) as well as by chromatin immunoprecipitation, future experiments needed to carry the research forward
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».