The Influence of Aquaculture on Marine Microbiota and Pathogen Communities in a British Columbia Coastal Ecosystem
Notice bibliographique
Résumé
The productivity of wild-capture fisheries has long plateaued and global dependence on aquaculture is progressively increasing. Despite the perception that substituting wild caught seafood for domestic production benefits the conservation of wild populations through decreased fishing pressure, this is frequently not the case. Aquaculture can challenge the conservation of wild populations via the harvest of wild fish for feed, degradation of wild habitat, and by facilitating the spread of infectious disease. This thesis examines how aquaculture facilities influence microparasite transmission dynamics and the potential consequences for co-occurring wild species. I investigate these topics in coastal British Columbia, Canada, where wild Pacific salmon populations encounter open-net salmon farms along their migration routes. In chapter 2, I use seawater filtration and quantitative PCR (qPCR) to quantify the presence of DNA for 39 viral, bacterial, and eukaryotic microparasite species in the marine environment in relation to active Atlantic salmon farms. I show that the odds of encountering an infectious agent are 2.72 times higher at active salmon farms relative to inactive control sites. In chapter 3, I evaluate Atlantic salmon eDNA dispersal at 2m and 8m depths throughout 55 km of narrow migratory channels, in relation to four Atlantic salmon farms. I show that long distance dispersal (1.5 km – 3.9 km) occurs, and the spatial extent of environmental eDNA dispersal depends primarily on current velocity and depth. In chapter 4, I evaluate environmental microbe communities using deep amplicon sequencing to evaluate variation in community structure among 57 salmon farm tenures in relation to aquaculture activity, temperature, salinity, turbidity, and multiple scales of spatial predictors. The results from chapter 4 show that the effect of salmon farm activity on the marine microbiota was detectable but small relative to environmental variation and spatial structure although three bacterial Orders: Flavobacteriales, Rhodobacterales, and Alteromonadales, stood out as strongly positively correlated with salmon farm activity. The sustainability of aquaculture and the persistence of many wild populations will depend on our understanding of the local and regional influences of domestic reservoirs on microparasite transmission and our ability to develop integrated control measures to limit transmission among wild populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».