Identification of a Carboxysomal γ-Carbonic Anhydrase in the Mesophilic Cyanobacterium Anabaena sp. PCC7120
Notice bibliographique
Résumé
Analysis of the genome of Anabaena sp. PCC7120 reveals that it lacks the gene, ccaA, which encodes the bonafide carboxysomal, β-class carbonic anhydrase (CA) CcaA. However, the carboxysome enriched fraction of Anabaena PCC7120 exhibits CA activity. Bioinformatic analysis reveals that the N-terminal region of the carboxysome protein CcmM has high sequence and structural similarity to the γ-class CA of Methanosarcina thermophila. Recombinantly expressed CcmM is found to be inactive in in-vitro CA assays. E. coli cell extracts containing an overexpressed form of CcmM comprised of the N-terminal 209 amino acids (CcmM209) are also inactive. However, CcmM209 displays CA activity after incubation with the thiol oxidizing agent diamide or when bound to an affinity matrix. It appears that CcmM is indeed a functional γ-CA which is active under oxidizing condition. It is hypothesized that the C-terminal RbcS like domain in CcmM may regulate activity by allowing CcmM activation only when sequestered within the carboxysome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».