The preservation and postglacial history of ice age Holartic beetles, as inferred from museum and ancient DNA
Notice bibliographique
Résumé
Degraded DNA can be recovered from specimens that are preserved in museums and the natural environment. Data generated from such DNA have provided valuable evidence for the assessment of a suite of biologically important questions. However, research of this nature is limited for invertebrate taxa, despite their diversity and ecological necessity. Using DNA data from dry-stored museum and permafrost- preserved ancient specimens, this thesis greatly extends the study of degraded DNA from invertebrates. The thesis focuses on two arctic ground beetle species (Amara alpina, Pterostichus brevicornisi, which are abundant in museum collections and permafrost deposits. A lack of data that characterises the preservation and potential of degraded beetle DNA, and thereby assessment of future possibilities for this emerging field, provided the impetus for the first three results chapters. Using two different sequencing approaches, the preservation of DNA in museum and ancient specimens was investigated. In addition, the taxonomic utility of DNA extracted from these specimens was assessed. These chapters demonstrate that DNA could be routinely recovered from museum specimens. DNA from ancient specimens could be recovered . from A. alpina but not P. brevicornis. In most cases therefore, degraded DNA from these beetles could be used to address further questions. The final two results chapters focus on the response of ~he two study species to a past period of climatically driven change, using DNA data from museum and ancient specimens. In these chapters, the mode of postglacial colonisation of Canada at the end of the last ice age was investigated. It was found that existing models of this process were broadly, but not wholly, correct. This may have implications for models of how beetles will respond to future climatic change. Although some challenges lie ahead, this thesis demonstrates the potential for museum and ancient permafrost-preserved beetle specimens in future, DNA-based, large-scale investigations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».