Rapid identification and classification of «Enterococcus» and «Staphylococcus» by attenuated total reflectance - Fourier transform infrared spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
Attenuated total reflectance Fourier transform infrared (ATR-FTIR) is a proposed method for in-depth identification and discrimination of the bacterial microorganisms.Comparing this method with other clinically available identification methods such as polymerase chain reaction (PCR), pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and automated systems including the Vitek II identification system, ATR-FTIR requires little to no sample preparation, rapid acquisition times, no reagent needed, cost effective, and identification can be performed at various taxonomic levels ranging all the way down to the pathotype level.Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus and coagulase negative Staphylococci (CoNS) are some of the most prevalent pathogens causing both nosocomial and lethal hospital-acquired infections.ATR-FTIR was the method chosen for the research due to its incredible specificity to overcome the challenge which arises when differentiating between Enterococcus and Staphylococcus species due to their high degree of genetic similarity.A total of 837 isolates, composed of Enterococcus faecalis (n=142), Enterococcus faecium (n=200), Staphylococcus aureus (n=392) and Coagulase-negative Staphylococcus (n=103) of fecal and blood origin were obtained from the
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».