Rapid identification and classification of «Enterococcus» and «Staphylococcus» by attenuated total reflectance - Fourier transform infrared spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
Attenuated total reflectance Fourier transform infrared (ATR-FTIR) is a proposed method for in-depth identification and discrimination of the bacterial microorganisms.Comparing this method with other clinically available identification methods such as polymerase chain reaction (PCR), pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and automated systems including the Vitek II identification system, ATR-FTIR requires little to no sample preparation, rapid acquisition times, no reagent needed, cost effective, and identification can be performed at various taxonomic levels ranging all the way down to the pathotype level.Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus and coagulase negative Staphylococci (CoNS) are some of the most prevalent pathogens causing both nosocomial and lethal hospital-acquired infections.ATR-FTIR was the method chosen for the research due to its incredible specificity to overcome the challenge which arises when differentiating between Enterococcus and Staphylococcus species due to their high degree of genetic similarity.A total of 837 isolates, composed of Enterococcus faecalis (n=142), Enterococcus faecium (n=200), Staphylococcus aureus (n=392) and Coagulase-negative Staphylococcus (n=103) of fecal and blood origin were obtained from the McGill University Health Center (MUHC), Laboratoire de Santé Publique du Québec (LSPQ), Health Canada (HC), Centre Hospitalier Universitaire Sainte-Justine, New Brunswick (NB) and Nova Scotia (NS).Each bacterial culture analyzed was initially frozen in a 40-50% glycerol 985 cm -1 .En outre, l'Entérocoque faecalis a été différencié avec succès des espèces d'Entérocoque faecium en utilisant les régions spectrales spécifique 1039-1054 cm -1 and 1061-1099 cm -1 .Enfin, Staphylocoque aureus et Staphylocoque à coagulasse négative ont été séparé avec succès en utilisant la région 1057-1072 cm -1 .Ces résultats suggèrent que la spectroscopie ATR-FTIR peut être utilisée comme un outil d'identification précieux pour rapidement identifier et différencier les bactéries nosocomiales Entérocoques et Staphylocoques au niveau du genre, de l'espèce et de la sous-espèce.v Acknowledgments This journey would not have been possible without my family, mentors, professors and friends.To my family, thank you for all of your constant support and guidance throughout all my wild endeavours.I am incredibly fortunate to have my dad, Antonio Langella, my mom, Manon Leclerc, and my brother, Anthony in my life.I am also very grateful for the financial support you have been able to provide, as well as all the encouragement I needed to follow my dreams.Thank you for always believing in me and being there when I needed you most.I hope I have made you proud!First and foremost
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».