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Enregistrement W7070644711

Primary characterization of a panel of monoclonal antibodies raised against the fungal pathogen Candida albicans

2014· article· en· W7070644711 sur OpenAlexvenueno aff

Notice bibliographique

RevueNPARC · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMachine Learning in Bioinformatics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCandida albicansMonoclonal antibodyPathogenCorpus albicansAntibodyImmunofluorescenceCandida tropicalisGlycoproteinYeast
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Candida albicans is an opportunistic pathogen responsible for non-life-threatening mucosal infections and is also a major cause of morbidity and mortality in immunosuppressed patients. While Candida infections can be treated with a variety of fungistatic antifungals, mortality rates from systemic candidiasis remain high. This fungi is capable of switching between various morphological forms including hyphae, associated with biofilm formation and tissue invasion, yeast, which is important for dissemination, the mating-competent opaque form and a commensal morphology that was recently observed in the gastro-intestinal tract. Methods: We immunized SJL and A/J mice with UV-killed hyphae, yeast or opaque C. albicans cells and used a ClonePixFL to select hybridoma clones that secrete immunoglobulins. These were then screened for anti-Candida monoclonal antibodies (mAbs) using an In-Cell ELISA assay. To date, we have produced 38 hybridoma cell lines and concentrated our characterization efforts on 23 mAbs that bind to live C. albicans cells. Results: Five mAbs recognize all morphological forms of C. albicans, 16 are hyphal-specific while 2 will only bind to opaque cells. In addition to C. albicans, 3 of the mAbs also recognize other fungal pathogens such as C. glabrata, C. tropicalis and C. dublininensis. All of the mAbs label the cell surface by immunofluorescence microscopy and 10 produce multiple bands or high-molecular weight smears in western blots. In order to narrow down the identity of mAb targets and to determine whether they recognize glycoproteins or glycans, we used the In-Cell ELISA assay to probe mannosylation (∆och1, ∆pmr1, ∆mnt1∆mnt2) and chitin synthase (∆chs2, ∆chs3, ∆chs8, ∆chs2∆chs8) mutants. We have also produced and probed reverse-phase protein microarrays spotted with total protein extracts from 2,357 GRACE C. albicans strains in the hyphal or yeast morphologies. In these strains, one gene copy is inactivated by insertional mutagenesis while the other allele is under the control of a repressible Tet-promoter. Conclusions: These assays allowed us to cluster the members of this mAb panel according to their target specificities and to prioritize them for future investigations aimed at evaluating their potential for therapeutic or diagnostic purposes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,423
Score d'incertitude au seuil0,261

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,213
Écart entre enseignants0,206 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2014
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Résumé présentoui

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