Sélection de mutations affectant la formation de biofilm chez Actinobacillus pleuropneumoniae
Notice bibliographique
Résumé
Actinobacillus pleuropneumoniae (App) est l’agent étiologique de la\npleuropneumonie porcine, une infection pulmonaire contagieuse chez les\nporcs. Parmi les nombreux mécanismes de virulence retrouvés chez les\nbactéries, la formation de biofilms joue souvent un rôle important dans la\npathogenèse. Il a été récemment démontré qu’App avait la capacité de former\ndes biofilms in vitro. Dans notre laboratoire, la formation de biofilms par App\na été évaluée en microplaques dans différents milieux de culture. Nous avons\ndémontré que la souche de référence de sérotype 1 est capable de former des\nbiofilms. Le but de ce travail est d’identifier des gènes impliqués dans la\nbiosynthèse et dans la régulation de l’expression des biofilms chez App.\nL’objectif de cette étude était de générer une banque de mutants d’App\n4074NalR à l’aide du transposon mini-Tn10. Cette banque de 1200 mutants a\nété criblée à l’aide du modèle in vitro de formation de biofilms en\nmicroplaques et en tubes : 24 mutants démontrant une formation de biofilms\nmodifiée par rapport à la souche mère App 4074NalR ont été sélectionnés et\nidentifiés, nous permettant ainsi de localiser le site d’insertion du transposon.\nUne analyse a permis d’identifier de nouveaux gènes impliqués dans la\nbiosynthèse et dans la régulation de l’expression des biofilms chez App. Notre\ncriblage a permis d’identifier 16 gènes connus impliqués dans la formation de\nbiofilms chez App (hns) ou chez d’autres pathogènes (potD2, ptsI, tig and\nrpmF) mais également de nouveaux gènes impliqués dans la formation de\nbiofilm (APL_0049, APL_0637 and APL_1572). Une caractérisation plus\npoussée de ces gènes nous permettra d’améliorer la compréhension des\nmécanismes impliqués dans la formation de biofilm chez App.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».