Selection of Genes and of Habitats: Ecological Genomics in Endangered Caribou
Notice bibliographique
Résumé
Habitat selection could be genetically determined. For example, genetic drivers could “force” habitat specialist species to select for specific resources. Caribou (Rangifer tarandus) are habitat specialist and the species is declining mainly due to human-caused habitat alterations. So far, habitat selection for caribou has been studied with ecological data only, and the link with genetics has not been explored, since needed information on individuals carrying genes was not available –i.e. requiring a genomic approach. We examined GPS locations for caribou belonging to two subspecies and three ecotypes from populations distributed throughout western North Canada and investigated selection of winter and summer habitats. We also genotyped 30,000 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) and determined if SNPs, and the genes that SNPs harbor, were associated to habitat selection factors in caribou individuals. Our results indicated that caribou selected for specific habitats likely representing food sources found in pristine environments. In these same individuals, habitat associated genes were also selected, which were involved in taste perception and thermoregulation of this Northern species. We have therefore detected for the first time a gene-to-environment association involving selection of both genes and habitat, with important implications for conservation. Habitats and climate are dramatically changing worldwide and the genetic aspects of selectivity that we described could indicate limited ability to adapt in caribou. Here, we investigate the link between ecology and genomics in caribou, with applications to other species in which genetic traits may also influence behaviour and limit resilience to changing habitats or climatic conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».