Uncovering the role of mutant RAC1 in cutaneous melanoma
Notice bibliographique
Résumé
RAC1 is a member of the Rho family of small GTPases.Next-generation sequencing studies discovered that 5-10% of cutaneous melanoma possess an activating hotspot p.P29S mutation [1,2].Previous studies have shown that RAC1-P29S promotes proliferation of melanocytes and modulates response to mitogen-activated protein kinase (MAPK)-targeted therapy [3,4].However, the mechanism of action of RAC1-P29S remains unknown.To gain a better understanding of the role of RAC1-P29S in melanoma, we performed unbiased transcriptomic and proteomic analyses to elucidate signaling pathways affected by the p.P29S mutation.We performed RNA-sequencing (RNA-seq) on melanocytes engineered to overexpress RAC1-P29S.We integrated our analysis with human melanoma data available from The Cancer Genome Atlas (TCGA).Gene set enrichment analysis (GSEA) revealed that the most significant pathways deregulated in RAC1-P29S mutant melanomas were related to immune response and mitochondrial respiration.In addition, to gain insight into signaling mechanisms responsible for expression signatures and oncogenic functions of the P29S mutant, we identified several interacting proteins with RAC1-P29S in human melanocytes by utilizing proximity-dependent biotin identification (BioID) and complex purification assays.From our preliminary analysis, we identified a scaffolding protein, IQGAP1, as a preferential interactor of RAC1-P29S.In future works, we will perform more in-depth mechanistic studies from our unbiased proteomic and transcriptomic analyses presented here with the goal to devise novel therapeutic strategies to treat RAC1-mutant cancers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».