Tailoring Camelina Seed Fatty Acid Composition via Fast Neutron Mutagenesis
Notice bibliographique
Résumé
Despite its minor status as an oilseed, Camelina sativa is a crop with the potential to reach greater levels of production in Canada due to its unique seed oil composition, relatively low input requirements, and availability of both spring and winter varieties. The limited genetic diversity of the species presents a challenge for camelina improvement through breeding. The aim of this study was to induce genetic variations in camelina’s genome through Fast Neutron (FN) irradiation applied to seeds in a dose gradient ranging from 7.1 to 49.5 Gy. A range of mutations should be caused following FN irradiation including deletions, point mutations, and rearrangements due to DNA damage and subsequent repair. In germination assays of FN-irradiated seeds, FN irradiation had no impact on germination, but higher doses of irradiation resulted in plants with a slower maturity. A FN mutagenesis population was established from irradiated camelina seeds for phenotypic and genotypic characterization. Male sterility and toothed leaf margin of irradiated camelina were observed based on visual observations. Seed fatty acids were analyzed and lineages with altered fatty acid composition, such as high C18:3 and low C20:1, were identified. To study novel genotypes, genotyping by sequencing was applied. An approach was designed and implemented that utilized Illumina sequence technology for generating large amounts of genome sequence data, in conjunction with Oxford Nanopore Technologies (ONT) sequencing for validation. One mutant lineage FN49-38 was characterized whose total very long chain fatty acid composition was 19.6%, a relatively lower percentage than of wild type (23.9%). This lineage carried a genomic DNA deletion of approximately 1.2kb spanning the 5' UTR (untranslated region) and the front half of the FAE1B-ORF (open reading frame) detected through Illumina sequencing, which was validated by ONT sequencing. Furthermore, the accuracy and authenticity of the deletion were confirmed by Sanger sequencing of the cloned mutant gene amplified by PCR (polymerase chain reaction) using specific primers flanking the mutated region. The ONT data was used to review and correct the current annotation of the FAE1 gene on chromosomes 11 and 12. A backcrossing experiment was conducted and confirmed that the deletion was linked to the reduced very long chain fatty acid composition phenotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».