Virus responsabili di malattie trasmesse da alimenti (MTA), focus sul virus dell’epatite A (HAV)
Notice bibliographique
Résumé
Il virus dell’epatite A (Hepatitis A Virus, HAV) è un virus a RNA appartenente agli Heparnavirus è responsabile della trasmissione all’uomo della malattia attraverso diverse vie tra le quali il consumo di acqua e alimenti contaminati. Tra gli alimenti più frequentemente implicati nella trasmissione dell’infezione all’uomo risulta importante il consumo di frutti di mare, vegetali e frutti di bosco. Nell’aprile del 2013 sono stati registrati, tramite i sistemi internazionali di segnalazione (EPIS-FWD ed EWRS) due cluster internazionali di Epatite A, il primo che ha coinvolto pazienti dei Paesi nord europei (cluster presumibilmente legato al consumo di frutti di bosco congelati di importazione extra-UE), il secondo ha coinvolto invece dei turisti di rientro dall’Egitto. In relazione ad un cluster familiare di epatite A, a seguito di consumo di una torta guarnita con frutti di bosco, verificatosi ad aprile 2013, è stato effettuato il campionamento e l’analisi di una confezione ancora integra di frutti di bosco misti congelati, sui quali è stato riscontrato il virus. E’ stato avviato pertanto il “sistema di allerta rapido comunitario (RASFF)” sugli alimenti in quanto i frutti di bosco sottoposti ad analisi erano originari di diversi Paesi esteri (Bulgaria, Polonia, Serbia e Canada). Il genotipo IB è stato individuato come agente responsabile dell’epidemia tra ottobre 2012 e aprile 2013 in quattro Paesi nord-europei (Report ECDC and EFSA, 2013; Gillesberg et al., 2013). Sebbene ci sia un solo sierotipo, attraverso le analisi di sequenziamento del genoma sono stati identificati differenti genotipi di HAV. Il virus dell’epatite A, sopravvive anche in condizioni ambientali estreme come il congelamento ed è sufficientemente resistente al calore, inoltre può infettare il fegato umano anche se presente in basse concentrazioni. Il Sistema Epidemiologico Integrato dell’Epatite Virale Acuta (SEIEVA) ha consentito di individuare, a partire dal gennaio 2013, un rilevante aumento dei casi di Epatite A sull’intero territorio nazionale, in particolare in alcune regioni del Nord, con un incremento pari al 70% rispetto al triennio precedente (Rizzo et al., 2013). In seguito alla segnalazione dei casi, il Ministero della Salute con una nota del 23 maggio 2013 ha raccomandato di provvedere tempestivamente al campionamento degli alimenti sospetti, inviando i campioni agli Istituti Zooprofilattici Sperimentali, individuati come Laboratori Pubblici territorialmente competenti, tra cui il laboratorio Controllo Alimenti di Torino (Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Piemonte, Liguria e Valle d’Aosta - IZSPLVA). Si sono affiancate le attività di routine di analisi e controllo ufficiale ad attività di messa a punto di nuove metodiche per la rilevazione del virus e tipizzazione dei cluster individuati a oggi sui campioni positivi. Il protocollo attualmente in uso è una un metodo di prova accreditato presso l’IZPLVA in accordo alla ISO_TS 15216-2. Il protocollo è stato messo a punto anche presso il laboratorio e prevede l’estrazione dell’RNA virale seguita da una seminested PCR con primer specifici per la regione conservata VP1/VP3 del genoma virale già descritta in letteratura (Apaire-Marchais et al, 1994). Al fine di caratterizzare genotipicamente i ceppi di HAV rilevati è stata utilizzata una nested-PCR con primer degeneri e diretti verso una regione meno conservata e più variabile denominata VP1/2A. Il sequenziamento di specifiche porzioni del genoma del virus presente nei casi di epatite A e la successiva analisi con tecniche filogenetiche permettono di classificare gli isolati virali in genotipi e, all’interno di un singolo genotipo, di identificare varianti virali riconducibili ad uno stesso focolaio epidemico. In questo lavoro sono state adottate due strategie di analisi del rischio e verifica della prevalenza di HAV, analisi di campioni provenienti dal controllo ufficiale nel contesto dell’emergenza “frutti di bosco congelati” e campioni di piccoli frutti freschi prelevati direttamente presso piccoli e grandi produttori. La prima strategia ha permesso di tracciare i prodotti coinvolti nei casi di malattia trasmessa da alimento (MTA) mentre il secondo ha permesso di stabilire la limitata presenza di rischio per prodotti freschi caratteristici di una zona geografica molto importante per questa tipologia di prodotti.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».