The challenge of establishing, growing and sustaining a large biobank. A personal perspective
Notice bibliographique
Résumé
Laboratory medicine professionals have a unique understanding of the wealth that biological samples bring to clinical research, and of the need for quality standards for the collection, transportation, storage and analytical phases. The expertise of laboratory physicians and scientists also adds value to the interpretation and publication of the results of clinical research studies. This is an account of the evolution of over thirty five years of the Biobank/Clinical Research Clinical Trials Laboratory at one Canadian health sciences centre. The logistical, financial, and quality management challenges are presented in growing from a small-scale facility to one that now stores three million well-characterized samples from more than seventy countries, representing five continents and five major ethnic groups. This is an account of a journey, it is not intended as a guide as to how to create an ‘ideal’ biobank. Collaboration, collegiality, consistency, creativity and clinical collaborators, are the keys to progress, but there must first be a vision, one that can expand to embrace new opportunities.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,061 | 0,052 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,014 | 0,018 |
| Communication savante | 0,028 | 0,031 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,014 |
| Intégrité de la recherche | 0,015 | 0,024 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».