Combinatorial RNA Interference In Caenorhabditis elegans Reveals That Redundancy Between Gene Duplicates Can Be Maintained For More Than 80 Million Years of Evolution
Notice bibliographique
Résumé
Background: Systematic analyses of loss-of-function phenotypes have been carried out for mostgenes in Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabditis elegans, and Drosophila melanogaster. Although suchstudies vastly expand our knowledge of single gene function, they do not address redundancy ingenetic networks. Developing tools for the systematic mapping of genetic interactions is thus a keystep in exploring the relationship between genotype and phenotype.Results: We established conditions for RNA interference (RNAi) in C. elegans to target multiplegenes simultaneously in a high-throughput setting. Using this approach, we can detect the greatmajority of previously known synthetic genetic interactions. We used this assay to examine theredundancy of duplicated genes in the genome of C. elegans that correspond to single orthologs inS. cerevisiae or D. melanogaster and identified 16 pairs of duplicated genes that have redundantfunctions. Remarkably, 14 of these redundant gene pairs were duplicated before the divergence ofC. elegans and C. briggsae 80-110 million years ago, suggesting that there has been selective pressureto maintain the overlap in function between some gene duplicates.Conclusion: We established a high throughput method for examining genetic interactions usingcombinatorial RNAi in C. elegans. Using this technique, we demonstrated that many duplicatedgenes can retain redundant functions for more than 80 million years of evolution. This providesstrong support for evolutionary models that predict that genetic redundancy between duplicatedgenes can be actively maintained by natural selection and is not just a transient side effect of recentgene duplication events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».