mRNA expression levels of methotrexate resistance-related proteins in childhood leukemia as determined by a standardized competitive template-based RT-PCR method
Notice bibliographique
Résumé
Drug resistance of leukemic blasts is correlated to event-free survival and might be predicted by mRNA expression of drug resistance-related proteins. Methotrexate (MTX) is an important component in the treatment of childhood leukemia. Mechanisms of MTX resistance include (1) decreased transport via the reduced folate carrier (RFC), (2) altered levels of target enzymes, eg dihydrofolate reductase (DHFR) and thymidylate synthase (TS), (3) decreased ratio of folylpolyglutamate synthetase (FPGS)/folylpolyglutamate hydrolase (FPGH). We designed competitive templates for each of these genes to measure mRNA expression by quantitative RT-PCR and normalized the expression to that of beta-actin. T-lineage acute lymphoblastic leukemia (T-ALL), relatively MTX resistant compared to common/preB-ALL, displayed higher mRNA levels of DHFR and TS (three- and four-fold higher, respectively; P < 0.001), while FPGS expression was lower (three-fold, P = 0.006) compared to common/preB-ALL. The ratio of (DHFR x FPGH)/(RFC x FPGS) was more discriminating between T-ALL and c/preB-ALL (eight-fold higher; P < 0.001) than either target independently. Acute myeloid leukemia (AML) cells, considered MTX resistant, expressed two-fold lower levels of FPGS mRNA compared to c/preB-ALL (P = 0.04). The ratio of FPGH/FPGS was more discriminating between AML and c/preB-ALL (four-fold higher; P = 0.001) than either target independently. For the total group of 79 leukemic samples, mRNA expression of DHFR varied 549-fold and paralleled TS mRNA expression (r = 0.80; P < 0.001). Although variations in mRNA expression resembled variations in functional activity, no direct correlations were found for RFC (58-fold variation in mRNA expression), FPGS (95-fold) and FPGH (178-fold). In conclusion, differences in mRNA expression of MTX resistance parameters between leukemic subtypes as detected by competitive RT-PCR are in line with known differences in MTX resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».