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Enregistrement W7073849661

Reporting guidelines for diagnostic accuracy studies that use Bayesian latent class models (STARD-BLCM)

2017· article· en· W7073849661 sur OpenAlexaff

Notice bibliographique

RevueTechnical University of Denmark, DTU Orbit (Technical University of Denmark, DTU) · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePregnancy and preeclampsia studies
Établissements canadiensUniversity of Prince Edward IslandMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLatent class modelBayesian probabilityDiagnostic accuracyClass (philosophy)Accuracy and precisionScale (ratio)
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Evaluation of medical tests is usually based on comparing their results to those from a perfect reference (gold standard) procedure. The Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy (STARD) initiative (http://www.equator-network.org/reporting-guidelines/stard/) developed reporting guidelines for studies designed to estimate the accuracy of tests when disease status is known. The original STARD statement was initially published in seven journals, while an updated version — STARD2015 — has been recently released. More than 200 biomedical journals encourage its use in their instructions to authors. An affordable, reliable, and noninvasive reference standard does not always exist as is the case for infectious diseases with a long latent period (e.g., in chronic infections such as tuberculosis). In such situations test accuracy can be estimated using latent class models that do not require knowledge of disease status (i.e., disease status is a latent variable). Statistical methods were introduced in this context by Hui and Walter and have been succesfully applied since then, with the majority of the work being carried out in a Bayesian framework. While STARD provides useful reporting guidelines for diagnostic accuracy studies when a reference standard is available, it required modification and extension to address crucial aspects that are unique to latent class analysis:In the absence of a perfect reference test, the target condition must be explicitly described when performing a latent class analysis to estimate test accuracy. Latent class models, in conjunction with what the tests under evaluation actually detect (e.g., organisms or immune responses to organisms), define the latent status. Thus, a definition/interpretation of the latent disease or infection under consideration from a biological perspective is critical to communicate effectively the contextual meaning of the sensitivity and specificity estimates.A detailed description of the latent class model and its assumptions is required. A meta-analysis found that 28% of the studies that used latent class models to estimate diagnostic test accuracy failed to report any evidence that assumptions were verified or that the underlying models were of adequate fit to the data at hand. Bayesian latent class analysis requires reporting the details and justification of the prior distributions used in the primary and sensitivity analysis. This task takes on increased importance when using non-identifiable latent class models.We adapted the STARD checklist in order to fulfill the reporting requirements for diagnostic test accuracy studies that use Bayesian latent class models. The new guidelines, termed Standards for the Reporting of Diagnostic accuracy studies that use Bayesian Latent Class Models, have been recently published and are available online (https://www.equator-network.org/reporting-guidelines/stard-blcm/). Further, a mailing list has been created and those interested can freely subscribe (http://lists.uth.gr/mailman/listinfo/lcmate). Standards for the Reporting of Diagnostic accuracy studies that use Bayesian Latent Class Models is relevant to both Bayesian and frequentist estimation methods but the focus is on the former. It should prove to be a useful tool for the sound application of latent class models in the evaluation of diagnostic tests and promote optimal reporting practices for studies that use such models.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,370
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,764
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Présentation des résultats · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,630
Score d'incertitude au seuil0,777

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,3700,764
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0050,007
Méta-épidémiologie (sens large)0,0090,027
Bibliométrie0,0220,023
Études des sciences et des technologies0,0030,004
Communication savante0,0120,005
Science ouverte0,0160,012
Intégrité de la recherche0,0130,013
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0450,016

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,231
Tête enseignante GPT0,354
Écart entre enseignants0,124 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
DomainePrésentation des résultats
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2017
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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