Glutamine synthetase as a biological marker for fish phylogenetics : some new insights
Notice bibliographique
Résumé
Glutamine synthetase is a key enzyme for nitrogen metabolism. It occurs in all organisms and is one of the oldest functioning genes. Many vertebrates have only one functional copy of this gene, while many plants have been shown to be multicopy for this gene. Pseudogenes for glutamine synthetase have also been reported in mammals. Until recently only a single copy of glutamine synthetase had been described in fish. However, six copies of this gene are expressed in rainbow trout Oncorhynchus myklss and two copies of this gene are expressed in the gulf toadfish Opsanus beta. We investigated a variety of intertidal fishes from British Columbia, Canada using PCR amplification of genomic DNA product and reverse transcriptase PCR to explore the diversity of glutamine synthetase in fish. We recovered two isoforms of glutamine synthetase in fourteen out of twenty-one fish. We describe the partial sequences for the two copies of this gene that differed in nucleotide composition by 8 to 22 percent. Phylogenetic analysis was performed using the different glutamine synthetase isoforms to generate trees for intertidal fishes collected in this study. Fish from the following orders were represented in this study: Myxiniformes, Lepisosteiformes, Salmoniformes, Gasterosteiformes, Syngnathiformes, Scorpaeniformes, Perciformes and Pleuronectiformes. Most species adhered to the traditional taxonomic classification although some representative fish did not.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».